L'isola, al largo delle coste dell'Africa, fu controllata dal Portogallo a partire dal 1503.

Dal 1887 al 1892 l'isola venne spartita tra Gran Bretagna, Germania e Italia.

L'Impero britannico gradualmente assunse il controllo della regione e la posizione tra Zanzibar e l'impero stesso venne formalizzata nel 1890 dal Trattato di Helgoland-Zanzibar nel quale la Germania si impegnò a non interferire con gli interessi inglesi nell'isola di Zanzibar, che divenne un protettorato dell'Impero quello stesso anno.

Il 19 dicembre 1963 Zanzibar ricevette l'indipendenza dal Regno Unito come monarchia costituzionale sotto il sultano. Questa situazione durò poco: il sultano fu rovesciato il 12 gennaio 1964, e il 26 aprile Zanzibar si unì con lo stato del Tanganika per formare la Tanzania, della quale fa parte ancora oggi.

La rivolta che seguì l'indipendenza segnò il rovesciamento della classe dirigente araba e fu accompagnata da violenze nei confronti degli arabi che in alcuni casi assunsero i tratti del genocidio.

La storia dell'isola offre alcune curiosità degne di nota.
La guerra combattuta nel 1896 tra lo Zanzibar e l'allora Impero Britannico è la più breve guerra della storia: lo stato di Zanzibar si arrese dopo appena 45 minuti.
Zanzibar fu la prima regione africana a introdurre la televisione a colori (nel 1973). Il musicista e cantante Freddie Mercury (vero nome Farrokh Bulsara), leader dei Queen, nacque a Stone Town, sull'isola di Zanzibar, il 5 settembre 1946. Sul lungomare di Stone Town si trova anche un ristorante battezzato in suo onore, il Mercury's.